Nach der Ermordung des chinesischen Vizepräsidenten durch den CIA Agenten Jason Bourne, steuern die beiden Nationen in eine handfeste diplomatische Krise. Das Problem ist jedoch, dass die Identität Jason Bourne ein Deckname des Agenten David Webb ist, der den Mord nachweislich nicht begangen hat. Die CIA und Webb müssen nun herausfinden, wer sich die Bourne Identität zu eigen gemacht hat und hinter dem Komplott steckt.