Die Geschichte von „Suzume no Tojimari“ beginnt, als die 17-jährige Suzume, die in einer ruhigen Stadt in Kyushu lebt, auf einen jungen Mann auf Reisen trifft, der auf der Suche nach einer „Tür“ ist. Suzume folgt dem Fremden und entdeckt in den Ruinen in den Bergen eine alte Tür. Ohne groß über die Konsequenzen nachzudenken, öffnet Suzume die Tür, woraufhin in ganz Japan weitere Türen erscheinen, die Unglück und Katastrophen mit sich bringen. Damit das Land nicht den Katastrophen zum Opfer fällt, muss Suzume die Türen für immer schließen.