Unsere kleine Schwester beginnt mit einer Beerdigung: 15 Jahre, nachdem ihr Vater sich mit einer anderen Frau davongemacht hat, sehen die Schwestern Sachi Kouda, Yoshino Kouda und Chika Kouda ihn erst wieder, als er nicht mehr unter den Lebenden weilt. Während seiner Beisetzung in einer entfernten Provinz Japans lernen sie jedoch ihre 14-jährige Stiefschwester Suzu Asano kennen.
Weil das Mädchen nach dem Tod des gemeinsamen Vaters niemanden mehr hat, der auf sie achtgeben kann, nehmen die drei älteren Schwestern sie mit in ihr Heim im japanischen Kamakura. Dort ist ihre Mutter allerdings wenig erfreut über den Neuankömmling, ist Suzu doch das Kind der Frau, die ihre Familie zerstört hat.
