In Das Bourne Vermächtnis will die Regierung mit allen Mitteln verhindern, dass sich das Treadstone-Fiasko mit Jason Bourne wiederholt. Darum soll eine Spezialeinheit unter dem Kommando von Byer (Norton) alle genetisch modifizierten Assets beseitigen. Mit Aaron Cross (Renner) gelingt jedoch einem Teilnehmer des Outcome-Programms die Flucht. In Begleitung der Wissenschaftlerin Dr. Stephanie Snyder (Weisz) versucht er seine Häscher auf Distanz zu halten und am Leben zu bleiben.
