21. Jahrhundert: Lincoln Six-Echo (Ewan McGregor) hofft wie alle Erdbewohner darauf, für "Die Insel" auserwählt zu werden, dem letzten Ort, der nicht kontaminiert ist. Dann findet Lincoln heraus, dass alles um ihn herum eine Lüge ist und er in Wahrheit nur ein menschlicher Klon und Ersatzteillager für die Weltbevölkerung ist. Er versucht, mit der hübschen Jordan Two-Delta (Scarlett Johansson) zu fliehen, bevor sie ausgenommen werden können.