Im südlichen US-Bundesstaat Mississippi werden 1964 drei junge Männer, ein schwarzer und zwei weiße Bürgerrechtler von einem Wagen mit Blaulicht in einer abgelegenen Straße angehalten. Nachdem sich die drei wüste, rassistische Beschimpfungen anhören müssen, werden sie erschossen. Zur Aufklärung des Falls werden der idealistische Nordstaatler Alan Ward (Willem Dafoe) und der erfahrene ehemalige Südstaaten-Sheriff Rupert Anderson (Gene Hackman) als FBI-Ermittler nach Jessup County geschickt. Dort haben die FBI-Agenten keine leichte Aufgabe vor sich, sind die offen rassistischen Einwohner doch wenig hilfreich bei der Aufklärung des Verbrechens. Als den Agenten klar wird, dass die drei ermodert wurden, fordert Ward einen großen Trupp FBI-Agenten und sogar das Militär an, um zu helfen. Unterdessen kommt Anderson der Frau des Hilfssheriff, Mrs. Pell (Frances McDormand), näher.
