Die sechs Teenager Lloyd, Kai, Nya, Jay, Zane und Cole leben auf auf der Insel Ninjago und besuchen die Highschool. Bei Nacht, wenn sie sich nicht mit Lehrern, Mitschülern und dem Schulalltag herumschlagen müssen, sieht ihr Leben allerdings ganz anders aus. Dann lassen sie sich nämlich von ihrem Lehrer Sensei Wu zu Ninjas ausbilden, die mit ihren besonderen Fähigkeiten, Waffen und Fahrzeugen Monster und andere Bösewichte bekämpfen.
Bisher war das eine leichte Übung für sie, doch dann zeigt sich ein neuer Gegner am Horizont, der ihre Heimatinsel in große Gefahr bringt: Ein vormals verbannter Kriegsfürst findet zu alter Stärke zurück und fällt dabei mit Drachen und einer Armee von Schlangenmenschen über die Nachwuchs-Ninjas her.